Publications

Journals
  1. B. Otero-Carrasco, L. Prieto Santamaría, E. Ugarte Carro, J. P. Caraça-Valente Hernández, and A. Rodríguez-González, “Repositioning Drugs for Rare Diseases Based on Biological Features and Computational Approaches”, Healthcare, vol. 10, no. 9, Art. no. 9 , Sep. 2022, doi: 10.3390/healthcare10091784.
  2. L. Prieto Santamaría, M. Díaz Uzquiano, E. Ugarte Carro, Nieves Ortiz-Roldán, Y. Pérez Gallardo, A. Rodríguez González, “Integrating heterogeneous data to facilitate COVID-19 drug repurposing”, Drug Discovery Today, In Press , Feb. 2022, doi: 10.1016/j.drudis.2021.10.002.
  3. L. Prieto Santamaría, E. P. García del Valle, M. Zanin, G. S. Hernández Chan, Y. Pérez Gallardo, y A. Rodríguez-González, “Classifying diseases by using biological features to identify potential nosological models”, Sci Rep, vol. 11, p. 21096 , Oct. 2021, doi: 10.1038/s41598-021-00554-6.
  4. E. P. García del Valle, G. Lagunes García, L. Prieto Santamaría, M. Zanin, E. Menasalvas Ruiz, and A. Rodríguez González, “Leveraging network analysis to evaluate biomedical named entity recognition tools”, Sci. Rep., vol 11, p. 13537 , Jun. 2021, doi: 10.1038/s41598-021-93018-w.
  5. E. P. García del Valle, G. Lagunes García, L. Prieto Santamaría, M. Zanin, E. Menasalvas Ruiz, and A. Rodríguez González, “DisMaNET: A network-based tool to cross map disease vocabularies” , Comput. Methods Programs Biomed., vol 207, p. 106233 , Jun. 2021, doi: 10.1016/j.cmpb.2021.106233.
  6. L. Prieto Santamaría, E. Ugarte Carro, M. Díaz Uzquiano, E. Menasalvas Ruiz, Y. Pérez Gallardo, A. Rodríguez González, “A data-driven methodology towards evaluating the potential of drug repurposing hypotheses”, Computational and Structural Biotechnology Journal, vol. 19, pp. 4559–4573 , Jan. 2021, doi: 10.1016/j.csbj.2021.08.003.
  7. G. Lagunes García, A. Rodríguez González, L. Prieto Santamaría, E. P. García del Valle, M. Zanin, and E. Menasalvas Ruiz, “How Wikipedia disease information evolves over time: An analysis of disease-based articles changes”, Inf. Process. Manag., vol. 57, no. 3, p. 102225 , May 2020, doi: 10.1016/j.ipm.2020.102225.
  8. G. Lagunes García, A. Rodríguez González, L. Prieto Santamaría, E. P. García del Valle, M. Zanin, and E. Menasalvas Ruiz, “DISNET: a framework for extracting phenotypic disease information from public sources,” PeerJ, vol. 8, p. e8580 , Feb. 2020, doi: 10.7717/peerj.8580.
  9. E. P. García del Valle, G. Lagunes García, L. Prieto Santamaría, M. Zanin, E. Menasalvas Ruiz, and A. Rodríguez González, “Disease networks and their contribution to disease understanding: A review of their evolution, techniques and data sources,” J. Biomed. Inform., vol. 94, p. 103206 , Jun. 2019, doi: 10.1016/j.jbi.2019.103206.
Conferences
  1. A. Álvarez Pérez, A. Iglesias-Molina, L. Prieto Santamaría, M. Poveda-Villalón, C. Badenes-Olmedo, and A. Rodríguez-González, “EBOCA: Evidences for BiOmedical Concepts Association Ontology”, in 22nd International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW) , Sep. 2022, pp. 1-15, doi: 10.1007/978-3-031-17105-5_11.
  2. L. Prieto Santamaría and A. Rodríguez-González, “DISNET: Drug repositioning and disease understanding through complex networks creation and analysis”, in RExPO22 , Sep. 2022, doi: 10.14293/S2199-1006.1.SOR-.PPPGCKMC.v1.
  3. A. Ayuso Muñoz, E. Ugarte Carro, L. Prieto Santamaría, B. Otero-Carrasco, E. Menasalvas Ruiz, Y. Pérez Gallardo, and A. Rodríguez-González, “REDIRECTION: Generating drug repurposing hypotheses using link prediction with DISNET data”, in 2022 IEEE 35th International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS), , Jul. 2022, pp. 7-12, doi: 10.1109/CBMS55023.2022.00009.
  4. B. Otero-Carrasco, A. Pérez Pérez, E. Mensalvas Ruiz, J. P. Caraça-Valente Hernández, L. Prieto Santamaría, and A. Rodríguez-González, “Drug repositioning with gender perspective focused on Adverse Drug Reactions” , in 2022 IEEE 35th International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS), , Jul. 2022, pp. 435-440, doi: 10.1109/CBMS55023.2022.00084.
  5. B. Otero-Carrasco, L. Prieto Santamaría, E. Ugarte Carro, J. P. Caraça-Valente Hernández, and A. Rodríguez-González, “A Computational Drug Repositioning Method for Rare Diseases”, in Bio-inspired Systems and Applications: from Robotics to Ambient Intelligence, Cham , 2022, pp. 551–561. doi: 10.1007/978-3-031-06527-9_55.
  6. E.P. García del Valle, L. Prieto Santamaría, G. Lagunes García, M. Zanin, E. Menasalvas Ruiz and A. Rodríguez González, "A Meta-Path-Based Prediction Method for Disease Comorbidities", in 2021 IEEE 34th International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS) , Jun. 2021, pp. 219-224, doi: 10.1109/CBMS52027.2021.00022.
  7. L. Prieto Santamaría, E.P. García del Valle, G. Lagunes García, M. Zanin, A. Rodríguez González, E. Menasalvas Ruiz, Y. Pérez Gallardo, and G.S. Hernández Chan, “Analysis of New Nosological Models from Disease Similarities using Clustering,” in 2020 IEEE 33rd International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS) , Jul. 2020, pp. 183–188, doi: 10.1109/CBMS49503.2020.00042.
  8. G. Lagunes García, L. Prieto Santamaria, E. P. Garcia del Valle, M. Zanin, E. Menasalvas Ruiz, and A. Rodríguez González, “Wikipedia Disease Articles: An Analysis of their Content and Evolution,” in 2019 IEEE 32nd International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS) , Jun. 2019, pp. 664–671, doi: 10.1109/CBMS.2019.00136.
  9. E. P. Garcia del Valle, G. Lagunes García, E. Menasalvas Ruiz, L. Prieto Santamaría, M. Zanin, and A. Rodríguez González, “Completing Missing MeSH Code Mappings in UMLS Through Alternative Expert-Curated Sources,” in 2019 IEEE 32nd International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS) , Jun. 2019, pp. 174–179, doi: 10.1109/CBMS.2019.00044. awarded paper
  10. E. P. Garcia del Valle, G. Lagunes García, L. Prieto Santamaría, M. Zanin, E. Menasalvas Ruiz, and A. Rodríguez González, “Evaluating Wikipedia as a Source of Information for Disease Understanding,” in 2018 IEEE 31st International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS) , Jun. 2018, pp. 399–404, doi: 10.1109/CBMS.2018.00076.

Seminars

Masters
  1. 2022. Universidad Politécnica de Madrid. Spain. Máster Universitario en Innovación Digital en Ciencia de Datos (EIT Master School)
  2. 2021. Universidad Politécnica de Madrid. Spain. Máster Universitario en Innovación Digital en Ciencia de Datos (EIT Master School)
  3. 2020. Universidad Politécnica de Madrid. Spain. Máster Universitario en Innovación Digital en Ciencia de Datos (EIT Master School)
  4. 2019. Universidad Politécnica de Madrid. Spain. Máster Universitario en Innovación Digital en Ciencia de Datos (EIT Master School)
  5. 2018. Universidad Politécnica de Madrid. Spain. Máster Universitario en Innovación Digital en Ciencia de Datos (EIT Master School)
  6. 2021. Universidad Politécnica de Madrid. Spain. Máster Universitario en Biología Computacional
External activities and workshops
  1. September 2022. BioASQ 2022. From non-structured data to drug repurposing hypotheses: the DISNET approach. Keynote Speaker.
  2. June 2021. Yerun, Universidad Carlos III de Madrid. Spain. Retos para la extracción de información en texto e imagen. Alejandro Rodríguez González, Invited Speaker.
  3. November 2019. Drug repurposing meeting, Biochemical Society Event. Birmingham, UK. Drug repositioning and disease understanding through complex networks creation and analysis. Lucía Prieto Santamaría, Oral Communication.
  4. February 2019. Nokia Bell Labs. Cambridge, UK. DISNET: Extracting phenotypic disease information from public sources for disease understanding and drug repositioning. Alejandro Rodríguez González, Invited Speaker.
  5. September 2018. Network Science Institute (Northeastern University). Boston, Massachusetts, USA. DISNET: Drug repositioning and disease understanding through complex networks creation and analysis. Alejandro Rodríguez González, Visiting Speaker.

Theses

PhD
  1. Eduardo P. García del Valle, 2022. “Creation of Networks for the Analysis of Disease Similarities”, Doctorado en Software, Sistemas y Computación (UPM). link
  2. Gerardo Lagunes García, 2020. “Caracterización de enfermedades basada en su información fenotípica recuperada mediante la extracción de conocimiento biomédico de fuentes de información públicas” , Doctorado en Software, Sistemas y Computación (UPM). link
Master
  1. Andrea Álvarez Pérez, 2022. “On giving disease networks data a semantic context: generating an ontology reusing existing ones”, Máster Universitario en Biología Computacional (UPM).
  2. Pablo Soto García, 2021. “Study and integration of new biological features data from public sources in the context of human complex disease networks”, Máster Universitario en Biología Computacional (UPM).
  3. Rizwan Saleem, 2020. “Towards drug repositioning: analysis of relevant drug features and computational methods”, Máster Universitario en Biología Computacional (UPM).
  4. Sara Jaramillo Cárdenas, 2020. “Analysis of public data sources and drugs information extraction towards the elaboration of human complex disease networks”, Máster Universitario en Biología Computacional (UPM).
  5. Youness Elkhalil, 2020. “Analysis of phenotypic data on diseases and their relationships for drug repositioning”, Máster Universitario en Biología Computacional (UPM).
  6. Lucía Prieto Santamaría, 2019. “Biological and phenotypical data analysis to generate new nosological models of diseases”, Máster Universitario en Biología Computacional (UPM).
Bachelor
  1. Natalia García Sánchez, 2022. “Biological sequence analysis in the context of drug repurposing and human disease complex networks”, Grado en Biotecnología (UPM).
  2. Adrián Ayuso Muñoz, 2022. “Análisis y Desarrollo de Modelos de Predicción de Links en Redes mediante Técnicas de Deep Learning”, Grado en Ingeniería Informática (UPM).
  3. Daniel Navarro Riaño, 2022. “Desarrollo de API (wrapper) para accesomediante código Python a servicios web de DISNET”, Grado en Ingeniería Informática (UPM).
  4. Alejandro Alonso Noguerales, 2022. “Desarrollo de la API (wrapper) para el acceso mediante código Java a servicios web de DISNET”, Grado en Matemáticas e Informática (UPM).
  5. Esther Ugarte Carro, 2021. “Drug repurposing approaches and validation through DISNET data”, Grado en Biotecnología (UPM).
  6. Ignacio Montero Callejas, 2021. “Desarrollo de procesos para el análisis y visualización de datos fenotípicos y biológicos en el contexto de las redes de enfermedades humanas”, Grado en Ingeniería Biomédica (UPM).
  7. Lucía Prieto Santamaría, 2018. “Extracción, cálculo de similitudes y análisis de características biológicas para la creación de redes complejas de enfermedades humanas”, Grado en Biotecnología (UPM). link
  8. Sara Luz Haers Méndez, 2017. “Estudio y análisis de características y bases de datos biológicas para la creación de redes humanas complejas”, Grado en Biotecnología (UPM).

Others

  1. Mentioned in different digital newspapers: Biotech Spain, Noticias de la Ciencia, Con Salud, Alpha Galileo
  2. Press release in UPM channels: “¿Podemos usar fármacos existentes para tratar la COVID-19?” link
  3. Semana de la Ciencia y la Innovación de Madrid 2021
  4. Mentioned in La Razón newspaper: "Medicamentos de siempre para nuevas enfermedades" link
  5. Press release in UPM channels: "Una perspectiva diferente para dar una nueva vida a los fármacos" link
  6. Semana de la Ciencia 2020 (Science Week) link
  7. HiloTesis2021 (Thesis Thread) by Eduardo P. García del Valle link
  8. HiloTesis2021 (Thesis Thread) by Lucía Prieto Santamaría link
  9. Cuéntanos tu tesis 2021 (My Thesis in a Nutshell) by Lucía Prieto Santamaría link
    (finalist link )